小脑萎缩要根据原因进行治疗，目前遗传性小脑共济失调小脑萎缩最多见。其目前暂无特异性的根治方法，但是也有药物或者康复治疗方法，在临床上得到应用，具体分析如下：

1、药物治疗：可以常规用维生素类药物，像维生素B₁、维生素B₁₂等，也可以用改善线粒体功能的药物，比如艾地苯醌或者是扩血管药物，比如尼麦角林等。目前发现有的药物，比如抗焦虑的药物，如丁螺环酮等，在一定程度上也可以缓解、改善共济失调症状。另外，丙戊酸钠等抗癫痫药物，有动物试验或临床试验也证明，可以适当改善患者小脑萎缩带来的临床表现；

2、康复治疗：如经颅磁刺激等，也可以对临床有一定改善。

目前有处在临床试验阶段的机能治疗或者是干细胞的移植等，尚处在临床试验阶段，是否有效，也有待于将来更多医学机构或者实验室研究，证明药物临床疗效。所以对于小脑萎缩，目前是通过药物的治疗或者是结合康复治疗减缓临床症状，但是无法彻底根治。