大便常规的检查，需要留取较新鲜大便的标本，要求1个小时内的大便标本，观察大便的外观，如色泽、有无黏液，有无未消化的食物残渣、脂肪滴等，再将大便标本做成混悬液，留取上清液，在显微镜下进行观察。显微镜主要观察大便里是否伴有微生物的虫卵，如蛔虫卵、绦虫卵等，判断是否有细菌和寄生虫的感染。
大便里的细菌、球菌和杆菌的比例，正常情况下杆球比例是10-8∶1，如果此比例发生失调，可能存在肠道菌群紊乱的情况。通过对大便的悬液，做生化、免疫组化的检测，需要检测大便里有没有含有血液的成分，即大便潜血的检测。现在开发出较多更精细的检查，如可以通过大便检测有没有幽门螺杆菌感染的情况，有没有其他炎症的指标升高，如检测大便的钙卫蛋白。还可以通过大便查较微量的肿瘤DNA，或某些变异突变的DNA异常，判断有没有早期肿瘤的存在。
