婴儿脑积水最好的治疗方法是手术。静止性脑积水不需要干预，但进展性梗阻性的脑积水必须进行手术治疗。手术分为两种方式，一种是分流手术，即将脑脊液分到其他地方。最常见的分流，一个是通过一根导管将脑内的水引到腹腔，这类手术效果较好，不同年龄均可使用。

另一个是第三脑室底造瘘，这部分患儿中脑导水管堵牢，在第三脑室底打个洞做造瘘，效果也好。但不是每个患儿均适用，2岁以下患儿的总体治愈率可能不到50%，所以小婴儿常采取的方法是进行脑室腹腔分流术，建议大龄或比较明确的梗阻性脑积水，尤其是中脑导水管梗阻的患儿采取三脑室底造瘘的方法，无需终身置管。