通常儿童多系统综合征治疗，主要需要针对各系统或者器官功能，给予相关的对症治疗，主要包括以下几方面：

1、多系统合并病变：如儿童既合并心血管的问题，又合并消化系统的问题，甚至还有可能会合并如肺部的问题。对于此类情况，就需要针对，如心功能的不全，可能就需要通过一些对症的强心扩血管的综合处理；

2、合并肺部病变：如果儿童存在肺部病变，如肺部血管炎，必要时需要进行抗炎或者加强呼吸道管理治疗，还需要给予对症的雾化治疗；

3、合并风湿结缔组织病变：儿童多系统综合征主要见于系统性红斑狼疮，尤其为风湿结缔组织病，可能全身，如血液系统、骨骼系统、关节系统、皮肤系统，甚至肾脏、心脏、血液、眼睛等，均可能出现多系统受累表现。如果本身是多系统的炎症反应，即血管炎，可能需要针对血管炎进行一定的抗炎治疗，如用免疫调调节剂、免疫抑制剂。若为多系统、多血管的炎症，会有针对原发病的治疗，还有多系统受累，如果处理不佳，必要时对于儿童代谢性疾病，或者全身性疾病，可以做异基因造血干细胞移植进行替代治疗。