早晨起来眼部肿胀的原因需根据不同的情况进行分析，具体如下：

1、局部病变：可能是蚊虫叮咬、炎症、外伤、过敏、眼科病变造成，这时可以从病史和外观上进行详细鉴别诊断；

2、经期水肿：女性月经期出现经期水肿，这时体内雌激素和孕激素的水平紊乱；

3、心脏疾病：如心力衰竭，患者夜间不能平卧、活动后心慌，可以通过心电图和心脏超声鉴别诊断；

4、肾脏疾病：伴有足踝部浮肿，晨起尿中泡沫增多，短时间内不消失，做相应血液、尿液以及影像学检查，有助于鉴别诊断；

5、其他：如系统性红斑狼疮以及甲状腺疾病、糖尿病或服用某些药物。