胃镜检查是较成熟技术，一般情况下对胃没有伤害。在做胃镜过程中，有少数患者出现剧烈恶心、呕吐，会损伤咽喉黏膜甚至食管贲门黏膜导致出血。如果患者本身胃溃疡或十二指肠溃疡较严重，溃疡较深、面积较大，有潜在消化道穿孔风险。
如果在胃镜过程中发现消化道病变，需取病理活检，在操作过程中会对黏膜造成损伤，出现出血。但一般情况下，病理检查所造成的黏膜损伤可很快愈合。所以为避免患者在做胃镜时产生不适，如果出现剧烈恶心、呕吐，在做胃镜检查前5-10分钟会喝局部麻醉剂，如利多卡因胶浆，对患者口咽部产生局部麻醉，减少上述症状发生。如果没有明显禁忌症，受检者也可行无痛胃镜检查。
