判断结膜炎种类相对比较困难，可根据症状大致判断，如果分泌物以水样为主，即患者比较喜欢流泪状态下，则认为病毒感染可能性较大。如果流出来黄色或脓性分泌物，则认为细菌性感染可能性较大。明确具体是细菌感染还是病毒感染，可进行分泌物培养，也可以进行涂片观察属于革兰氏阳性菌还是革兰氏阴性菌，甚至可以进行涂片明确是否有真菌感染可能。
对于急性结膜炎患者，如果水样分泌物较多，会给予抗病毒为主的药水滴眼，如频繁使用更昔洛韦眼用凝胶，同时配合广谱抗菌眼药水，如氧氟沙星眼药水。如果感觉有大量脓性分泌物，并且发生于新生儿，应先考虑淋球菌感染。此时不仅应局部用药，还需全身静脉输注青霉素，出现结膜炎建议患者及时到眼科就诊检查。
