小便后阴茎疼痛，常见有以下几个原因：
1、尿路炎症：整个尿路存在炎症时，排尿后尿液可能刺激阴茎，从而刺激到尿路上皮的神经末梢而可能出现尿疼，同时还可能伴有尿急、血尿；
2、前列腺炎症：排尿后用力收缩肛门以排净残余尿，收缩肛门时挤压到前列腺，前列腺液内的液体可能流入到尿道，也可能出现尿道、阴茎的疼痛；
3、阴茎海绵体炎症：阴茎海绵体存在慢性炎症或急性炎症时，排尿后或阴茎肿大、胀大后，均可能出现疼痛，此时按压阴茎可以判断是否存在阴茎海绵体炎症；
4、阴茎海绵体硬结症：如果阴茎存在肿块而出现疼痛，特别是在勃起状态下出现疼痛，有可能是阴茎海绵体的硬结症；
5、尿道口炎症：包皮过长或包茎等情况，也可能出现排尿后阴茎疼痛的现象。
因此排尿后阴茎疼痛需查明病因，化验尿液，必要时进行阴茎的超声检查，以判断尿道有无结石。阴茎的体格检查，可以判断在按压阴茎时，是否会出现疼痛，以明确疼痛的原因。
