咖啡最好不要和酸奶一起喝。咖啡主要含有较多的咖啡因，喝咖啡的目的是希望摄入的咖啡因，给人体带了神经系统的轻度兴奋的作用，使得人体从喝咖啡当中能够得到一种愉悦的感觉。而酸奶是非常有营养的、富含蛋白质的一种食物，酸奶里主要含有乳酸以及乳酸菌。人体摄入以后，希望通过消化系统吸收酸奶当中的蛋白质，给人体增加营养。同时酸奶中的乳酸和乳酸菌能够调节肠道的微生态，对肠道功能的维护、肠黏膜屏障的保护以及消化功能都有很好的调节作用。

而咖啡当中的咖啡因，对神经系统产生的兴奋，可能会使肠道蠕动加快。在喝了酸奶以后，部分成分可能在还没有消化吸收的时候，因为咖啡因的兴奋作用，可能使得肠蠕动加快以后，可能就快速地排出到肠道，进而影响到酸奶的营养价值。另外咖啡因具有一定的碱性，能够中和一部分酸奶当中的乳酸，也会影响到酸奶对肠道较好的调理作用。

所以咖啡和酸奶物质在一起喝，会相互削弱各自给人体带来的好的作用。在某种程度上，是一种资源的浪费，所以不建议一起喝。如果要是想喝，也最好间隔一定的时间再喝。