滤泡性结膜炎使用眼药水的类型，主要是根据病因选择，根据滤泡性结膜炎由病毒、细菌、非感染性因素等原因的不同，相应需要使用的眼药水类型不同，不能一概而论，抗病毒、抗细菌及非甾体类的消炎药，在不同的情况下，选择通常不同，主要情况如下：

1、病毒性滤泡性结膜炎：患者可以使用抗病毒的药物，如更昔洛韦眼用凝胶；

2、细菌性滤泡性结膜炎：患者可以使用抗菌素眼药水，如妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液、左氧氟沙星滴眼液，以及夫西地酸滴眼液；

3、非感染性滤泡性结膜炎：部分药物引起滤泡性结膜炎，如依色林(毒扁豆碱)，此时需要使用非甾体类眼药，包括普拉洛芬滴眼液、色甘酸钠滴眼液缓解眼部不适。

另外，滤泡性结膜炎患者，需要使用眼表修复剂，修复眼睛表面的上皮细胞，通常为角膜、结膜的上皮细胞，包括碱性成纤维细胞生长因子滴眼液、表皮细胞生长因子滴眼液等，部分患者可能会有干涩不适的症状，可以需要使用人工泪液，如玻璃酸钠滴眼液。