新型冠状病毒性结膜炎，和普通的病毒性结膜炎，差别并不是太大，主要区别在于呼吸道的症状。
新型冠状病毒性结膜炎主要表现有疼痛、眼睛充血、流泪以及水样的分泌物，同时合并有发热、淋巴结肿大以及上呼吸道症状，比如咳嗽、胸闷、窒息，这些肺部感染的一些症状。其在临床上的处理，跟病毒性结膜炎基本用药一致，只是再增加传染病的防护问题。
临床上使用的药物包括有抗病毒的眼药水，例如更昔洛韦眼用凝胶，同时联合使用抗菌素类滴眼液，比如妥布霉素滴眼液、加替沙星滴眼液、氧氟沙星滴眼液、夫西地酸滴眼液。
同时联合眼表修复剂，比如碱性成纤维细胞生长因子滴眼液、人表皮生长因子滴眼液，或者再联合人工泪液、玻璃酸钠滴眼液。
对于新型冠状病毒性结膜炎，由于眼表的疼痛和充血比较严重，也就是意味着眼表的结膜血管扩张、炎症介质的释放非常明显。因此，可以联合使用非甾体类消炎药，比如普拉洛芬滴眼液、色甘酸钠滴眼液。
新型冠状病毒性结膜炎和普通的病毒性结膜炎，除呼吸道症状比较重以外，其他并无明显差异。
