下丘脑闭经的主要原因跟下丘脑和垂体的激素变化有关，最常见的有泌乳素、催产素以及性腺激素，包括促卵泡激素以及促黄体生成素。这些激素对于调节女性月经周期，以及女性雌激素、孕激素水平变化很有作用。比如泌乳素增高了就会促进乳腺分泌乳液，同时可以抑制雌激素水平，从而出现闭经现象。
促卵泡激素和促黄体生成素如果出现了异常增高，也会导致雌激素和孕激素的分泌的异常，从而导致月经失调，或者闭经的发生。所以下丘脑性的闭经，主要是因为垂体的促性腺激素和泌乳素、催产素的作用，导致卵巢的雌激素跟孕激素分泌异常，而出现闭经现象，叫做下丘脑性闭经。
