颅内的真菌感染分几个大类，常见的是新型隐球菌感染，其他相对比较少见，包括毛霉菌、曲霉菌病。正常情况下，大脑有血-脑屏障，这些病原微生物很难感染大脑，尤其真菌感染更为少见。
但免疫力低下的人群比如艾滋病、器官移植服用免疫抑制剂的患者，接受免疫抑制剂的治疗以及有免疫相关的疾病长期服用激素，抵抗力不好，容易继发二重感染。另外由于长期的抵抗力下降以及恶病质状态、系统性疾病太重，这时也会引起真菌的感染。
特殊人群职业也容易暴露在真菌环境当中，比如养鸽子病，由于隐球菌容易在孵蛋的土壤中存活，所以在养殖鸟类的人群当中，因大量接触鸽子的粪便、排泄物以及土壤，所以是易感的人群。
