泡性结膜炎的小泡很难消失，通常需要依赖药物，临床上通常会使用激素的眼药水，来减轻泡性结膜炎症状。同时也会使用非甾体类消炎药，如普拉洛芬或色甘酸钠眼药水，来减轻炎症介质释放造成的眼表不适感，如异物、疼痛及充血和流泪。泡性结膜炎属于结膜上皮局限性的变态反应，具体的发病机制不明，但不会造成明显的眼部分泌物，对眼睛不会造成实质性损害，不会影响视力，因此也可以不用处理，反复观察即可。
临床上使用眼药治疗泡性结膜炎，通常效果并不理想，部分患者甚至需要进行手术切除，但也有患者泡性结膜炎小泡，包括结膜炎病灶，使用激素后可以达到消失和临床治愈。虽然大部分的患者使用药物后效果并不理想，但药物可以极大缓解泡性结膜炎造成的不适症状，包括疼痛、畏光、流泪以及异物感。
