对于肾囊肿药物治疗往往无效，一般需要手术治疗。在治疗肾囊肿时需要对肾囊肿进行区分，是单纯性肾囊肿还是复杂性肾囊肿，具体治疗方法如下：

1、单纯性肾囊肿：指囊肿没有分隔，囊壁比较薄，仅仅是囊壁包着一包水，对于单纯性肾囊肿而言，治疗取决于囊肿大小，如果囊肿直径<4cm，由于个头比较小，对人体的影响比较小，无需特殊治疗，只需要每年定期做影像学检查，比如B超监测囊肿大小。如果囊肿的直径>4cm，特别是囊肿不是外凸，而是长在肾里面，由于囊肿比较大，有可能会压迫肾组织，影响肾功能，通常需要进行手术治疗，可以采用囊肿去顶术，也可以采用囊肿穿刺引流加硬化剂注射治疗；

2、复杂性肾囊肿：往往是囊壁比较厚或者有分隔，分隔比较厚、有钙化，有些患者还会出现囊壁或者囊肿分隔里有软组织成分，对于这种囊肿需要警惕有恶性的可能，即囊性肾癌的可能，往往需要手术切除。