引起慢性胃窦炎发病的主要细菌是幽门螺杆菌，特异定植在胃内的细菌，生物学特性是革兰氏阴性杆菌，可以定植在胃窦，而且形状是螺旋、杆状且有鞭毛，称为幽门螺杆菌。通常在我国的感染率较高，主要通过口口传播以及粪口传播，要注意饮食卫生，注意饭前、便后洗手，预防被感染。
幽门螺杆菌可以引起胃部较多相关疾病，比如消化性溃疡、慢性胃炎，包括慢性浅表性胃炎、慢性萎缩性胃炎，甚至幽门螺杆菌和胃癌的发生和发展，也有较大关系。通常可以通过呼气试验、做胃镜，以及胃镜下的病理活检，来判断是否感染幽门螺杆菌。如果细菌阳性，建议通过规范的四联疗法来进行根除治疗。
