女性泌尿系统感染如果伴有腰疼，考虑存在有上尿路感染。对于上尿路感染，要求应用强有力的抗菌素进行治疗，因为上尿路感染的全身症状较重。可以根据尿培养的结果来选择敏感抗菌素，同时在具体用药的选择上面，一般推荐半合成青霉素、第三代头孢菌素、第三代喹诺酮类抗菌素以及氨基糖苷类抗菌素等。
用药的方式一般为静脉应用，用药周期为10-14天，症状控制后应当继续口服药物进行治疗，治疗周期为2-4周，通过此类强有力的抗感染治疗来控制上尿路感染。同时对于腰疼要鉴别是否存在其他原因所导致，主要是梗阻性问题。
梗阻性问题可以造成积水而引起上尿路感染，常见的是结石，其他的还包括先天性发育异常等。处理的原则是解除梗阻，大多数情况下需要手术治疗，如有结石时要进行内镜下的碎石取石治疗。
