松果体囊肿手术为较大的手术，松果体位于脑部的中央，附近有较多重要的结构，所以手术较难以达到某一个部位，风险较大，所以算较大的手术。但是手术创伤较小，通常都会采用微创的手术方式，比如在内镜下进行松果体囊肿的切除术。因为囊肿为先天性疾病，多数的囊肿都不会引起症状，而且都是长期静止生长，不会产生明显的增大。
患有松果体囊肿的患者，建议进行临床观察，每1年或者2年做1次CT或者核磁共振，密切关注囊肿的变化。如果在观察的过程中，发现囊肿有明显增大，甚至引起一些症状，比如囊肿导致患者出现脑积水的症状，引起患者头疼、头晕、恶心、呕吐、视神经乳头水肿等一系列表现。此时需要对囊肿进行手术切除，因为囊肿位置较深，所以手术级别较高，为4级手术，需要经验较丰富的医生完成手术。
