在输尿管结石的药物治疗当中，首先应当是解痉和止痛的治疗。
1、镇痛药物：输尿管结石的主要症状是肾绞痛症状，此时一般先予以镇痛药物。镇痛药物的使用，首先是按照三级镇痛原则，最早使用的是非甾体类的抗炎镇痛药物，推荐的是双氯芬酸钠，其次可以选择非吗啡类的中枢镇痛药物，比如曲马多。第三级的就可以选择吗啡类的中枢镇痛药物；
2、解痉药物：最常用的就是山莨菪碱，其它的还可以选择黄体酮、α受体阻滞剂，或者钙离子拮抗剂；
3、中医药：在输尿管结石治疗当中也有一定的作用，中医药的作用主要是对症的处理，常用的是尿石通和排石颗粒，现成的方药有八正散、四逆汤等中药来进行治疗。
同时如果能够明确输尿管结石的成分，可以根据结石的不同，选择进行酸化尿液，或者碱化尿液的处理，一般应用的是氯化铵进行酸化尿液，碳酸氢钠进行碱化尿液，碱化尿液的药物还可以选择枸橼酸氢钾钠。
