胃肠镜检查主要使用静脉全身麻醉。不使用半麻的原因，在某些情况如胃镜基本上经口进行，半麻基本不能阻滞指定区域，而且胃肠镜手术的疼痛感并不强烈，主要是经过喉部时出现不适感，如恶心、呕吐等。
这种不适感需要用全麻药进行阻滞，有些进行肠滞，进入肝区、脾区时，在肠内注射二氧化碳气后，可能对病人造成一定影响。这部分影响主要表现在胃部不适感，主要为胃痛，因此，半麻不能阻滞该区域，需要使用全身麻醉。
因为全麻后，病人不会出现不适感，可以较为舒适的接受操作以及手术，因此，在胃肠镜检查过程中主要使用静脉麻醉药进行操作，保留病人的自主呼吸，尽量减少疼痛以及减少不适感。
