一般无痛胃肠镜手术时间是麻醉所需时间，术后5-10min患者可以逐步转醒。手术使用的麻醉药基本以镇静药为主，可能应用少量甚至不用镇痛药，基本均为短效镇静药，如依托咪酯、异丙酚等。一般使用镇静催眠药后手术开始，手术结束前按照手术刺激可逐量减少药物使用，手术结束后5-10min内，即无痛胃肠镜使用异丙酚、依托咪酯类药物的一个半衰期后患者逐步转醒。
有时无痛胃肠镜结束前由于刺激不明显，可提前停止药物使用，甚至退出胃镜后患者立刻清醒。但为安全起见，也会让患者在手术床上或复苏室内休息30min，以维持生命体征平稳，尽量减少头晕、头痛等术后不良反应。手术结束后1-2h内，患者稍微静坐或躺卧可使其恢复更好。综上，无痛胃肠镜麻醉后虽5-10min即可清醒，但为安全起见，时间可能要稍微延长，患者清醒状态更好。
