胃肠道间质瘤晚期腹胀，要考虑胃肠道引起腹胀的原因，如因肿瘤直接压迫肠道，导致出现肠梗阻，可能会出现腹胀情况，这部分患者除出现腹胀外，有可能还会出现排气、排便减少甚至于排泄停止。如果是完全性肠梗阻，要及时进行手术干预；如果是不完全性肠梗阻，通过胃肠减压、静脉营养，通过内科治疗，再争取机会进行靶向治疗，帮助肿瘤缩小，缓解不全性肠梗阻症状。
除以上肿瘤直接压迫引起肠梗阻引起腹胀情况外，部分患者可能出现腹腔广泛性胃肠道间质瘤转移，可能并未直接压迫肠管，但转移灶较多，可粘附在肠壁或肠系膜上，导致肠蠕动减慢。此种情况处理较为棘手，主要以内科保守性治疗为主，包括小肠减压管、全静脉营养等治疗，为靶向治疗创造一定条件。
