房间隔缺损有遗传倾向，如果爸爸或妈妈，在小时候或现在存在房间隔缺损，则孩子发生房间隔缺损风险比正常孩子高。房间隔缺损可能是由于心脏发育期间，出现外源性因素刺激，比如环境或理化因素，可有遗传背景。比如患者携带相关房间隔缺损的遗传易感基因，引起基因突变，导致在心脏发育过程中出现发育异常、停滞，即可出现房间隔缺损。
房间隔缺损即使有遗传几率，患者也应避免过度紧张，如果房间隔缺损较小，无相关症状时，只需要随诊观察。如果患房间隔缺损较大或有伴随症状，可选择房间隔缺损介入封堵手术、开胸修补手术，尽早矫正避免或降低心脏结构和功能改变。
