肝癌磁共振表现比较有特异性，在肝占位初步诊断时，建议患者进行磁共振检查，尽量为增强磁共振。肝癌在磁共振平扫时典型特征为T2高信号、T1低信号，在增强磁共振上会出现动脉期肿块信号明显增强，且强于周围肝组织，而门脉期肿块信号要明显低于周围肝组织，即快进快出的增强磁共振表现。
目前较好的磁共振检查，对于肝癌而言为普美显核磁共振，通过肝脏细胞可摄取普美显造影剂，而肝癌组织无法摄取普美显造影剂进行区别。因此，在普美显核磁共振的普美显期，即所谓肝脏特异期出现肝内低信号病灶，可确诊为原发性肝癌。此外，磁共振的所有结果也需要结合临床症状、实验室检查等进行确认。
