根治慢性化脓性扁桃体炎，一般建议是手术切除。因为药物只是在急性发作时使用，扁桃体急性炎症时一般都是选用合适的抗菌素，首选青霉素或者头孢类的抗菌素，同时辅助应用退热、止痛的药物，都是在急性期使用。但是，并没有药物可以把慢性化脓性扁桃体炎根治。
如果患者反复发炎，标准一般是成年人1年2次以上有急性发作，通常就建议等急性炎症期过去后，可以选择在合适的时间手术切除扁桃体。扁桃体具有一定的免疫功能，但是在10岁以后基本上就退化掉。
所以如果扁桃体反复发炎，成年人切除不用有顾虑。而对于儿童，如果扁桃体反复发炎甚至过度肥大，也可以考虑进行手术切除，对儿童身体的发育，也一般不会存在严重不利的影响。这点家长也不需要有过多的顾虑，根治一般建议就是手术切除。
