治疗肺部肉芽肿的中草药一般都是有散结、解毒甚至有抗增生作用的中草药，如马勃、射干、山慈菇等，可以治疗肺部肉芽肿性的结节，甚至能防止肉芽肿进一步发生过度地增生改变。
如果发现肺部肉芽肿，同时肿瘤标志物也高，也可以配合有抗增生作用的中药，如龙葵、白花蛇舌草、蛇莓、虫楼等，有时可以搭配使用，但是用量不会像治疗肿瘤的时候大。
肿瘤标志物高的时候，使用抗增生的药物，有比较好的能帮肿瘤标志物下降的作用。穿心莲、半边莲、败酱、贯众等，清热解毒的同时也有消除结节增生的作用。
如果发现病人的淤血体质加重，因为痰结到后期都会导致痰瘀互结，其硬性越来越强，这时也需要增加活血的药配合使用。
