女性尿常规细菌偏高，要根据是否存在症状来选择治疗。如果患者没有症状，考虑无症状性菌尿，一般不需要治疗。无症状性菌尿需要治疗的是孕妇，因为可能会引起早产，以及要进行尿道操作的患者，一般治疗可以予以口服头孢类的抗生素处理。
而如果尿中细菌高，患者存在尿频、尿急、尿痛等症状，就考虑下尿路感染。此时抗生素推荐应用磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹诺酮类抗生素，以及第二代和第三代的头孢菌素。治疗的疗程通常采用单剂疗法或者三日短程疗法，经过治疗大多数都可以控制症状。
同时要求患者多饮水，注意休息，避免劳累，保证一定的尿量，起到冲刷作用。如果症状严重，可以应用药物进行处理，像碱化尿液可以口服碳酸氢钠，也可以应用一些黄酮哌酯这类的药物，来进行控制。
如果下尿路感染，考虑与性生活有关系，建议在性生活后养成排尿的习惯，以及必要时在性生活前口服抗生素。
