糜烂性胃炎应用四联疗法出现拉肚子，通常与药物不良反应有关，比如应用抗生素治疗造成菌群紊乱，会引起拉肚子，以及铋剂，也会引起轻微拉肚子、大变发黑等症状。如果患者拉肚子症状较轻，则可以应用益生菌进行治疗，如双歧杆菌、地衣芽孢杆菌等，均可以起到止泻、调节肠道菌紊乱的作用。
严重菌群紊乱造成明显水样拉肚子，则应停用四联疗法治疗，部分患者可能存在耐受不了的问题，应停用药物的同时，进行止泻处理。
如果患者幽门螺杆菌(HP)感染症状比较重，或评估患者胃癌家族史、明确溃疡、萎缩肠化、异型增生等，则建议患者进行幽门螺杆菌根除治疗。HP根除治疗时，通常需要进行药物调整，以及个体化处理，尽量减轻患者不良反应。
