慢性肾盂肾炎的临床表现不十分典型，有的甚至十分隐匿。患者可以有腰酸的症状，部分患者可以出现双下肢的间断水肿。在病情发作的时候，可以出现尿频、尿急等尿路刺激症状。
慢性肾盂肾炎的患者，既往可以有反复的泌尿系感染的发作，如果做影像学的检查，可以发现肾盂、肾盏的变形，尿检可以有白细胞，可以有白细胞的管型。如果做中段尿培养，可以发现有细菌生长。
由于慢性肾盂肾炎的病情比较隐匿，所以容易被忽视。如果随着慢性肾盂肾炎的进展，不给予积极的干预治疗，患者可以出现慢性肾功能衰竭。
到了慢性肾功能衰竭的阶段，患者除了有高血压之外，还可以有小管间质损伤的表现，比如夜尿增多。同时还可以有肾功能衰竭的其它症状，比如消化道症状、贫血等。
