肝脏主要位置是在右上腹肋弓及上腹正中部位，故肝癌患者主要疼痛部位在肝区，即以右上腹疼痛为主。部分肝癌患者肿瘤可出现不同位置转移，如骨转移、脑转移，出现转移的患者可发生转移部位疼痛。肝癌是一种恶性度较高的肝脏恶性肿瘤，肝癌较小时一般不会引起明显疼痛，随着肿瘤增长，肿瘤体积增加，可牵张和侵犯肝脏包膜，此时会出现定位相对准确的疼痛，通常疼痛部位就是肿瘤部位。
若肿瘤发生骨转移，可出现较严重的转移部位疼痛，如脊柱腰背部及长骨位置均有可能因肿瘤对骨组织的破坏而诱发剧烈、严重、持续性疼痛。少数患者可能会发生肺转移、脑转移，发生脑转移的肝癌患者可出现较严重头痛。在临床上，应需要根据患者肝癌的具体情况，对疼痛进行针对性处理。
