预防儿童根尖周脓肿的措施如下：
1、预防龋齿，家长应在孩子1岁时就带孩子去接受牙医检查，进行换龋风险评估。对不良喂养习惯进行干预，获得饮食指导，包括控制含蔗糖多的饮食和饮料，避免黏着性强和在口腔停留时间长的饮食。进食后应进行口腔清洁，睡前、饭前不给零食饮料，合理使用奶瓶等。同时家长应学习口腔卫生知识，定期带孩子进行口腔检查。包括进行龋病活跃性检测，局部用氟、窝沟封闭等，才能达到龋齿的早发现、早治疗；
2、运动前做好防护，外伤也可以导致根尖周脓肿发生，在进行篮球、足球、滑冰、滑板、轮滑等高强度、高风险对抗性运动之前，应佩戴防护头盔和运动防护牙托，尽量减少牙齿受伤的风险。
儿童的根尖周脓肿绝大多数是由龋病或外伤引起的牙髓感染发展而来，在牙髓感染中牙髓炎症，特别是牙髓坏死以后，细菌及其毒素、组织分解产物可通过根尖孔到达根尖周组织，或通过髓室底副根管达到根分歧部位的根尖组织，引起根尖周脓肿。
