肠镜是通过专业的内镜医生，通过肛门进入到肠腔里，随肠管延伸检查直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠以及回盲部，甚至进到回肠末端进行检查。这是专业操作，医生要经过多年培训才可能具备此技术，还要有专业设备，即电子肠镜。

目前医院里所做的肠镜几乎都是电子肠镜，其清晰度高、管径较细较柔软，兼备其他特殊功能。肠镜检查相当于人眼的延伸，是侵入性、无创的检查，是通过人类自然管腔进入到肠腔内进行观察。

至于肠镜疾病鉴别，也取决于肠镜医生水平，因而肠镜是需要经过专业训练才可能进行单独操作。做肠镜时要往肠腔里充进一定气体，使肠腔处于一种比较舒展状态，有一定空间使肠镜能通过，在此空间里充分观察肠腔的病变。

在充气过程中，可能病人感觉不适，另外肠管相对较细、较长，在此狭窄空间里要不遗漏进行观察，需要肠镜不断调整方向，在此过程中可能会给患者带来不适。因此，通常肠镜检查会建议病人，若不是身体条件、脏器功能影响，进行无痛检查相对较舒适。