胆总管囊肿的手术方式主要是囊肿切除、肝总管空肠吻合，早期术后并发症主要是腹腔内出血、急性胰腺炎、胆瘘、胰瘘，以及急性胆管炎等；晚期的并发症主要是吻合口狭窄，以及反复发作的胆管炎、胆管结石形成，长期炎症刺激可能造成胆管癌变。因此患者即使已经行手术，还需要定期随访、观察。对于胆总管炎症或者已形成结石的患者也应当积极进行治疗，并查明具体原因。
微创治疗对外科医生的手术操作要求比较高，要求高能减少术后并发症，如胆管炎、吻合口瘘的发生。出现并发症应及早治疗，术后应该观察患儿的腹部情况，术后一周比较常见胆瘘、胰瘘和吻合口瘘，患者容易出现发热、腹胀，还有肠梗阻、脓毒血症的症状。此时一般是出现了胆瘘、胰瘘和吻合口瘘，患者需要再次进行手术。
