肠炎原因目前不清楚，一般来讲，老百姓知道病从口入，说明肠炎发生有一部分与饮食有关系，到底吃哪种食物得肠炎，目前也没有特别明确的说法。有的人吃西红柿不行，一吃就会拉肚子，会吃成肠炎；有的人吃土豆不行，然后有的人吃小麦不行，但是大部分人可能是吃奶制品，尤其是凉的奶制品，可能会造成肠炎的情况。
但是大部分人找不到特别明确原因，到底吃哪种食物不行。除此之外，肠炎发生还与精神因素有很重要的关系，曾经有的患者因为精神压力过大，或者受到特别大精神打击。精神刺激造成肠道炎症甚至便脓血，在临床上也不少见。还有遗传因素，遗传因素比如这对双胞胎是单卵双胎与双卵双胎，发病率完全不一样。单卵双胎其中一个发病，另一个也很容易发病，但是双卵双胎影响就不大。在遗传因素中，遗传学家并没有找到到底哪个基因发生问题会出现肠炎。现在人们在这方面的有研究，特别定论性的概念目前还没有。
