幽门螺杆菌杀不死提示可能存在细菌耐药，从而导致根除失败。需更换根除方案，进行第2次的根除，甚至第3次根除。临床上根据既往用药史，或者第1次根除失败的用药史选择方案，避免使用耐药性抗生素。
同时可以根据幽门螺杆菌的培养，或药物敏感试验结果选择抗生素。建议选择抑酸作用更强的PPI(质子泵抑制剂)药物提高根除率，如艾司奥美拉唑或艾普拉唑。根除幽门螺杆菌之前，可以服用2周或4周左右的益生菌辅助提高根除率，如枯草杆菌、双歧杆菌等，同时降低因服药导致的胃肠道反应。
根除时机建议在前1次根除失败后，停药至少3个月以上，再进行下一次的根除，此时细菌防御机能可能下降，细菌活性较高，再根除可以提高根除率。
