目前，做胃镜通常有两种选择，即普通胃镜和无痛胃镜，根据医院的级别不同，如县级、市级、省级和国家级医院，收费标准也存在差异。
如省级医院收费标准为普通胃镜大概260元，无痛苦胃镜850元。因为胃镜属于侵入性操作，做胃镜之前需要化验术前三项，部分医院化验术前四项，即乙肝、丙肝、梅毒和艾滋，主要是为了避免交叉感染。另外，还需要做心电图检查。计算一共大约是1000元左右。如果检查结束之后发现有问题，如需要取活检或者进行息肉切除，需要额外收费。一个活检病理标本大概200元左右，切除一个息肉大概是275元，如果切两个息肉大概是450元左右。另外，还需要用圈套器或者热活检钳，所以单纯检查大概1000元左右。如果加上活检或者治疗，大概是在2000-3000元之间。
