阴道炎通常是由于阴道菌群紊乱所导致，对于不同类型的阴道炎，病因有所不同。正常情况下，阴道处于以乳酸杆菌为主的生态平衡状态，阴道上皮细胞产生糖原，并在乳酸杆菌作用下分解，产生乳酸，维持阴道的弱酸性环境。这时，很多致病菌的生长会受到抑制，即可维持阴道正常环境。但当其他外界条件出现，造成阴道内生态平衡被破坏，导致致病菌过度生长，就会出现阴道炎。
细菌性阴道炎，是由于条件致病菌过度生长所导致。霉菌性阴道炎是由于念珠菌导致，念珠菌是条件致病菌，即正常情况下，念珠菌会受到阴道环境的抑制。但在特殊状况下，如长期使用抗生素、免疫抑制剂、血糖异常时，会导致念珠菌过度生长，从而出现霉菌性阴道炎。滴虫性阴道炎，通常是由于感染阴道毛滴虫导致。
