头痛艾灸的部位有很多，临床常用的部位，比如百会穴、印堂穴、太阳穴、风池穴，就是头周围的一些相应的穴位，都可以选择艾灸的方法。除了这些头部或者相应的穴位之外，可以采取附近的穴位，比如颈部的夹脊穴、大椎穴、肩井穴等，相应来治疗。除了这些附近的穴位之外，还可以选择远端的一些穴位，比如四关穴、足三里、阳陵泉等，都可以选择相应的穴位来做艾灸。
除了这些相应的穴位之外，也可以采取一个部位来治疗，比如背部的督脉灸，一般也就是五脏所集中的一个部位，这个时候通过做督脉灸，可以起到很好地调整脏腑功能的作用。还有一个，就是除了这些穴位之外，还可以选择相应经络的井穴。一般病在脏者取之井，这时可以通过麦粒灸的方法灸井穴治疗头痛。
除了这些部位的选择之外，选择的方法也有很多，比如温针灸、艾条灸、麦粒灸等多种方法，这时可以根据患者的具体情况，选择不同的部位，不同的艾灸方法，来治疗头痛。
