脊髓损伤的后遗症比较多，轻度脊髓损伤的后遗症，临床上可以忽略。但比较严重的脊髓损伤后遗症，包括运动、感觉、排便障碍等，还包括病理反射、肌张力异常、心理问题，这些后遗症要根据不同专科，用不同的方法进行处理。
常规处理后遗症先是物理治疗，物理治疗要保持全身各关节的活动度，把残存的肌力即神经控制正常，训练好没有受到损伤的肌肉肢体力量，尽可能实现患者功能的完整。其它包括作业治疗、康复科训练，以及患者的日常活动，包括穿衣服、吃饭、处理大小便、坐轮椅、出行、乘车等基本生活技能。部分损伤节段较低的患者，若想恢复得较理想，要进行职业性训练，让脊髓损伤度过急性期后，能从事一定工作，有一定收入。
