中晚期圆锥角膜比较好确诊，通过简单裂隙灯的检查，可以发现圆锥角膜典型体征。现在最难确诊的是圆锥角膜早期，因为圆锥角膜越早诊断对治疗越有好处。圆锥角膜早期诊断如何确诊，是现在很关心的问题。很多人要做近视手术，其实做近视手术筛查之前，主要是筛查有没有角膜病变，例如圆锥角膜，这是圆锥角膜的早期。
圆锥角膜早期诊断极为困难，但是也并不代表不能诊断。圆锥角膜的早期可以通过角膜地形图做诊断，在角膜地形图没有异常改变时，也可以进行生物力学的检测，包括视觉质量分析。因为圆锥角膜在极早期时，会出现视觉质量的改变。通过这些新的仪器和设备，在早期也能对圆锥角膜做出判断。圆锥角膜在中、晚期诊断相对比较容易，早期诊断比较困难，所以在早期建议到综合性医院就诊。
