胃底间质瘤就是癌症。胃底只是胃的部位，胃的器官比较大，将其分为胃体、胃底、胃幽门区等，长在胃底的间质瘤仍然是间质瘤，来源于胃的平滑肌层，就是平滑肌发生肿瘤。胃或者小肠平滑肌发生的肿瘤，目前在医学上称为胃肠道间质瘤。
胃肠道间质瘤不区分是良性还是恶性，统一当作恶性肿瘤来处理，所谓恶性肿瘤就是老百姓说的癌症。虽然癌在专业上是指来源于上皮细胞的恶性肿瘤，而胃肠道平滑肌不是上皮组织，它是间叶组织，因此用以前的分类称为肉瘤，但是无论是肉瘤，还是来源于上皮细胞的恶性肿瘤，就是老百姓说的癌症。
很多年前医学上把胃底间质瘤区分为良性，平滑肌瘤和平滑肌肉瘤，后来经过多年研究发现，在临床上根本无法区分。
