大部分胰腺癌并不会出现误诊的情况，但针对胰腺癌与自身免疫性胰腺炎的情况，特别是当自身免疫性胰腺炎呈现肿块型表现时往往较难鉴别。这种情况下自身免疫性胰腺炎首先要针对IgG4进行检查，往往IgG4检查会出现升高，提示自身免疫性胰腺炎的可能。
但特别是针对一些IgG4是正常的自身免疫性胰腺炎呈现肿块型，与胰腺癌往往较难鉴别。某些情况下也可以使用进一步的穿刺取得组织病理，给予进一步的鉴定。另外，针对并没有胰腺癌确定指标的情况下，也可以适当考虑给予自身免疫性胰腺炎的激素治疗方案来判断是否有效。
如果有效，肿物有缩小往往提示自身免疫性胰腺炎，但这种方法要慎重使用。因为如果是胰腺癌，使用激素有可能会促进胰腺癌的发展。所以针对这类特别难鉴别的情况比较少见，但也需要注意。其他的包含影像学检查，如PET-CT、磁共振也都能够更进一步的有助于诊断。
