双肾囊肿的治疗要根据囊肿的具体情况，如果是单纯性的囊肿，也要根据具体情况来决定。如果单纯性囊肿要观察肾囊肿的个数，如果单侧的肾囊肿在3个以下，一般不需要治疗，3个以上就要根据具体情况，来决定是否治疗。
另外，肾囊肿在5cm以下也不需要治疗，5cm以上要给予特殊治疗。还要观察囊肿的生长倾向，如果向外生长一般不治疗。如果向内生长就有可能会压迫到肾脏的实质，引起肾脏的形态、功能改变，甚至导致肾功能不全、尿毒症等，所以这种情况需要治疗。
双侧的肾囊肿还应该警惕多囊肾的可能，多囊肾和肾囊肿不太一样。多囊肾的检查主要是双侧肾脏有数不尽的小的囊泡，这种囊泡通常不断生长，所以说此时要判断是否是多囊肾。
如果是多囊肾，治疗就不一样，因为多囊肾无法用外科性的方法去除囊肿，即便是去掉以后，下面的囊肿也会继续长起来。
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