肠镜做无痛还是普通的取决于个人选择，没有做过肠镜的患者可能对肠镜有畏惧心理，而无痛有很多优势，如痛苦较小，在检查过程中没有明显感知，患者处于睡眠状态，因此做肠镜时，在睡眠状态下就没有痛苦感。无痛内镜检查时，可以同时完成胃镜和肠镜检查，也是无痛非常大的优势。
单纯从做肠镜的角度而言，80%-90%的患者做肠镜时并没有太大的疼痛感，因为随着目前技术的改进，多少情况下并没有明显疼痛。除非是较瘦的患者，尤其是年轻女性身材较瘦，或者有过子宫切除、剖宫产术后病史，腹部或其它手术术后有粘连情况，肠道内可能会有畸形，此时做肠镜可能会有疼痛感，此时应选择无痛肠镜。
因此，具体是做无痛的的肠镜还是普通的肠镜，取决于个人选择。
