自然流产一般不会导致输卵管阻塞，但在特殊情况下有可能，如有宫颈急慢性炎症。自然流产时子宫口松弛，存在于宫颈的特殊病原菌，包括淋球菌、支原体、衣原体等，可以通过子宫内膜开放的宫颈口上行感染到输卵管，导致输卵管的炎症、狭窄，甚至是管腔阻塞。自然流产后整个盆腔充血，盆腔周围其它细菌引起上行性感染，导致盆腔炎症，继发引起输卵管炎症，导致输卵管狭窄或堵塞。
正常情况下，如果没有感染风险存在，自然流产不会导致输卵管阻塞。如果是炎症刺激导致流产，或存在炎症而合并流产，这种情况下，细菌或病原体感染，导致输卵管炎症长期刺激后，会形成输卵管管腔狭窄，甚至阻塞。
