乙型肝炎肝硬化失代偿期时会出现肝硬化的相关并发症，但是对于乙肝肝硬化的失代偿期的治疗，首先要强调病毒治疗。目前对乙肝肝硬化失代偿期的患者，只要表面抗原是阳性，不管乙肝病毒定量检测的结果，也不管转氨酶水平，都需要给予患者抗病毒治疗。抗病毒药物选择上建议首选药物恩替卡韦和替诺福韦酯剂，在抗病毒治疗的基础之上，有一部分患者可以选择抗纤维化的治疗。
除此之外，如果患者有腹水，可能需要利尿，或者是用其它治疗腹水的方法处理腹水。如果患者腹腔有细菌感染，可能需要应用抗菌药物进行治疗。如果患者是有食管-胃底静脉曲张破裂出血，要给予止血、降低门脉压力的药物治疗。如果是肝性脑病的患者，可能要注意保持大便通畅，同时给予肝性脑病的药物治疗。
所以失代偿期肝硬化患者的治疗，是在抗病毒治疗的基础之上，针对并发症给予的系统的治疗。
