通常情况下，喝痛经宝颗粒如果在其适应证范围内，基本便没有明显副作用。喝痛经宝颗粒出现不良反应，多数是患者在选择药物时出现偏差所致。由于痛经宝颗粒的主要作用是温经散寒、祛瘀止痛，因此临床适合于寒瘀兼有的痛经，即患者除痛经外，还常伴有小腹冷痛、月经颜色深，以及出现大量瘀血块等症状。
部分患者如果本身月经量特别多，月经期喝痛经宝颗粒，便可能会由于药物中的活血成分，导致月经量出现进一步增多，甚至月经淋漓不尽等不良反应。另外，如果患者并不属于寒瘀兼有的痛经，反而是血热造成的痛经，如果喝痛经宝颗粒，反而可能会加重其血热症状。
