肛瘘手术后患者都比较急切，做了手术都希望尽快恢复。但肛瘘手术以后创面恢复需要经过几个时期，肛瘘手术后前1-2天存在伤口渗出期，渗出期是伤口内脓液和血性分泌物的排泄过程，长短不一。如果是深部肛瘘，排泄期可以在一周，小的肛瘘1-2天可以排净。当伤口脓液排净，伤口则开始愈合。
开始愈合过程也是一个缓慢过程，不能过急，因为伤口创面愈合有其规律，一般3-7天是排泄期，七天以后肉芽组织开始填补、增生。这种情况下还需要医生不断换药，观察肉芽组织的生长是否健康。如果看到肉芽组织水肿或过度增长时，医生还要对伤口进行较小处理。只有较好维护伤口状态，肛瘘伤口才能在15-20天左右彻底愈合，而快速愈合与医生和患者的配合无法分开。
