益生元和益生菌不完全一样。益生菌是对健康有益的细菌，益生元是能够促进益生菌繁殖的食物或者药物，所以益生元的概念更大。
益生菌直接指的是细菌，益生元一般不是指细菌。如双歧杆菌、乳酸杆菌这些直接对人体有益的细菌，是存在于肠道当中的细菌都是益生菌。如乳果糖这一类的物质，并不直接是细菌，但是能够在人体肠道内发挥促进双歧杆菌、乳酸杆菌这些有益细菌繁殖的作用，所以叫做益生元。所以益生元是广义上的，能够促进微生态繁殖、有益细菌生长的物质。
正常情况下，直接补充益生菌肯定效果最为理想，直接补充双歧杆菌、乳糖杆菌。但是益生元的物质也有其它的作用，像乳果糖能够起到一定的治疗便秘的作用，对便秘有缓解作用，同时又能改善微生态，所以也是一举多得，也有一些特殊的优点。所以益生菌跟益生元这两者不太完全一样。
