扁桃体经常发炎的主要原因是由于扁桃体已经成为机体内的病灶，扁桃体炎是由于乙型溶血性链球菌感染所引起。反复感染以后，扁桃体内的淋巴组织已经被细菌取代，扁桃体内可能会有细菌菌落、纤维组织，当机体免疫力下降时，比如感冒、受凉、饮酒、疲劳以及熬夜等诱因存在的情况下，可能使得存在于扁桃体内的细菌群落大量繁殖，造成急性扁桃体炎的发作。
也有一些人认为扁桃体的反复发作是由于扁桃体炎一直存在，只是进入静止期和发作期不同阶段而引起。所以如果扁桃体炎反复发作，1年超过4次，建议把扁桃体切除。因为反复发作的扁桃体炎可能会引起全身各处严重的并发症，会危害身体的健康。
